克罗恩病患者也常发生肛周病变，可表现为肛门失禁、排脓性分泌物、排便疼痛及肛门瘙痒等症状。检查时可见肛周皮肤浸渍、糜烂，大的痔疮性皮赘、肛裂、肛瘘、肛门狭窄或肛周脓肿等。约1/3的克罗恩病患者可能出现肛周病变，尤其是结肠病变者，但一般需追问病史才能发现。有时往往是克罗恩病的最早表现。
如未认识到因克罗恩病所致，而行手术治疗，可引起局部愈合不良。肛门直肠瘘往往是克罗恩病结肠炎的最早症状，但并非所有肛瘘患者行内镜检查时都可观察到有明显的结肠病变。
肛周克罗恩病的治疗依病情的不同而不同，总的原则是以保守治疗为主。
1.痔
克罗恩病患者的肠道黏膜较常人不同，更容易水肿、充血、糜烂，若做手术，伤口很可能不愈合，所以尽量采取栓剂纳肛或中药外洗等保守治疗的方法来治疗。如遇急症，比如出血、坏死等方可行手术治疗。
2.肛裂
肛裂疼痛剧烈，但肛周克罗恩病之肛裂不要轻易手术， 最好中西药联用，内服外洗配合。
3.肛瘘和肛周脓肿
由于体质的特殊性，一般克罗恩病患者的肛瘘即便手术后，伤口也不易愈合，且肛瘘极易复发。一般都建议患者带瘘生存或者病情缓解后行手术治疗。脓肿则予以对症治疗，消炎补液，必要时切开引流。
4.肛门狭窄
很多克罗恩病患者存在轻度的肛门狭窄，一方面长期慢性腹泻，炎症刺激导致肛门狭窄，另一方面肛管溃疡，瘢痕增生， 导致肛门狭窄。轻度肛门狭窄者，可用热水或中药（活血化瘀药）坐浴以加强局部血液循环，消炎消肿，软化瘢痕，使症状减轻；严重肛门狭窄者，可在局部麻醉下行扩肛术，后用中药坐浴。
